Đội bóng đá nữ của Bayern chính thức được thành lập vào năm 1970 mặc dù các cầu thủ nữ đã chơi tại câu lạc bộ từ năm 1967. Tuy nhiên, vì DFB cấm bóng đá nữ từ năm 1955 đến 1970 nên Bayern chỉ có thể đăng ký chính thức đội vào năm 1970. Họ giành chức vô địch quốc gia đầu tiên vào năm 1976. Năm 1990, Bayern là thành viên sáng lập của Frauen-Bundesliga, nhưng họ bị xuống hạng sau mùa giải tiếp theo.

Câu lạc bộ trở lại Bundesliga vào năm 2000. Vào năm 2009, Bayern là á quân Bundesliga, kém nhà vô địch Turbine Potsdam một bàn thắng duy nhất. Ở mùa giải 2011–12, vào ngày 12 tháng 5 năm 2012, FC Bayern Munich đã soán ngôi đội đương kim vô địch Cúp quốc gia Đức 1. FFC Frankfurt với chiến thắng 2–0 trong trận chung kết 2011–12 ở Köln và ăn mừng thành công lớn nhất trong lịch sử của câu lạc bộ kể từ khi giành chức vô địch vào năm 1976.[2] Năm 2015, họ đã vô địch Bundesliga lần đầu tiên mà không thua một trận nào.[3] Họ đã vô địch Bundesliga 2015–16 lần thứ hai liên tiếp.[4]